Przedsiębiorcy pod lupą fiskusa
Niełatwe relacje podatników i organów podatkowych

2. edycja raportu MDDP i Konfederacji Lewiatan

Oddajemy w Państwa ręce drugą edycję raportu „Przedsiębiorcy pod lupą fiskusa. Niełatwe relacje podatników i organów podatkowych” – przygotowanego przez ekspertów podatkowych MDDP we współpracy z Konfederacją Lewiatan.

Opracowanie kompleksowo przedstawia, jak w ostatnich latach (2021-2025) wyglądały działania kontrolne organów podatkowych. Publikacja obejmuje pełen obraz procedur weryfikacyjnych – od czynności sprawdzających, przez kontrole podatkowe i celno-skarbowe, aż po postępowania podatkowe i sądowe. Szczególną uwagę poświęcamy zagadnieniom, które w ostatnim czasie coraz wyraźniej znalazły się w centrum zainteresowania administracji skarbowej – przyglądamy się m.in. praktyce w zakresie cen transferowych, podatku u źródła czy stosowania klauzuli GAAR. Analizujemy również narzędzia współpracy podatników z organami podatkowymi.

Raport to jednak nie tylko liczby i komentarze ekspertów – to również głos przedsiębiorców. W tej edycji skupiamy się na czynnościach sprawdzających, które stały się najczęściej wykorzystywaną formą weryfikacji rozliczeń. Liczymy, że nasze wnioski i oceny zostaną zauważone i uwzględnione w przyszłych pracach legislacyjnych.

Raport w liczbach

Czynności sprawdzające… hitem fiskusa

Skala działań podejmowanych przez organy podatkowe w obszarze czynności sprawdzających jest znacząca i z roku na rok systematycznie rośnie.

Mimo że czynności sprawdzające są mniej angażujące niż standardowe kontrole, to właśnie one przynoszą organom podatkowym najwięcej wpływów budżetowych spośród dostępnych metod weryfikacji rozliczeń podatników (więcej niż kontrole podatkowe i celno-skarbowe łącznie).

W latach 2021-2025 przeprowadzono łącznie ponad

12,4

miliona

czynności sprawdzających.

W samym 2025 roku przeprowadzono niemal

2,3

miliona

czynności sprawdzających, co stanowi najwyższy wynik od 2022 roku

Oznacza to średnio:

9 163

czynności dziennie

1 145

czynności na godzinę

19

nowych czynności w każdej minucie

Czynności sprawdzające przynoszą większą kwotę stwierdzonych zaległości podatkowych niż wszystkie kontrole podatkowe i celno-skarbowe łącznie(!).

W 2025 roku było to prawie

11

miliardów zł

stwierdzonych uszczupleń

Czynności sprawdzające okiem przedsiębiorców

W ostatnich pięciu latach z czynnościami sprawdzającymi zetknęło się aż

91,3%

respondentów

Analiza wyników badania wskazuje na generalną pozytywną ocenę czynności sprawdzających, a ich głównymi zaletami są szybkość i elastyczność. Ankietowani nie oczekują zmian, które miałyby bardziej sformalizować kontakty podatników z organami podatkowymi, niemniej wskazują, że pewne standardy w komunikacji powinny być zachowane. Jest to tym bardziej ważne, że czynności sprawdzające są powszechnie stosowaną procedurą „kontroli” prawidłowości wypełniania obowiązków podatkowych.

Przedsiębiorcy doceniają szybkość i brak formalizmu czynności sprawdzających. Brakuje im jednak jasnych zasad ich prowadzenia i gwarancji procesowych. Niewielkie zmiany w przepisach mogłyby być wielkim krokiem w poprawie relacji na linii podatnik-organ.

Jaki jest zaproponowany przez przedsiębiorców kierunek działań i co mógłby obejmować standard zmian przepisów?

Kontrole podatkowe i celno-skarbowe – kontrola czyha za rogiem

W latach 2021-2025 wszczęto łącznie ponad

tysięcy kontroli (z czego ok. 70% stanowiły kontrole podatkowe, a ok. 30% kontrole celno-skarbowe)

W 2025 roku każdego dnia roboczego w Polsce wszczynano średnio

kontroli podatkowych lub celno-skarbowych

Skuteczność kontroli spada, ale nadal prawie każda kontrola prowadzi do stwierdzenia nieprawidłowości – w 2025 roku po raz pierwszy od lat nastąpił spadek skuteczności zakończonych kontroli.

95,5%

kontroli podatkowych oraz

90%

kontroli celno-skarbowych

kończyło się stwierdzeniem nieprawidłowości w rozliczeniach podatników

Pomimo spadku liczby kontroli celno-skarbowych w 2025 roku przyniosły one rekordową kwotę stwierdzanych zaległości – prawie

6,5

miliarda zł

Średnie ustalenie wynikające z jednej kontroli celno-skarbowej to prawie

1,4

miliona zł

Organy podatkowe coraz częściej próbują rozstrzygnąć sprawy w ramach czynności sprawdzających, natomiast kontrole podatkowe pozostawiają dla przypadków bardziej czasochłonnych lub takich, w których prowadzenie czynności sprawdzających okazuje się niewystarczające. Inaczej należy oceniać rolę kontroli celno-skarbowych. Dane Ministerstwa Finansów potwierdzają, że dotyczą one spraw o znacznie większym stopniu skomplikowania, gdzie ryzyko zidentyfikowania nieprawidłowości jest wysokie.

Postępowania odwoławcze

Choć odwołanie pozostaje podstawowym środkiem ochrony praw podatnika, to jego skuteczność jest ograniczona. W większości przypadków organy odwoławcze podtrzymują decyzje organów pierwszej instancji, a nawet gdy dochodzi do ich uchylenia, nie oznacza to jeszcze definitywnego sukcesu podatnika.

Najbardziej prawdopodobnym wynikiem odwołania jest utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji. Dotyczy to średnio 52% decyzji Naczelników US oraz 58% decyzji Naczelników UCS. Oznacza to, że podatnik składający odwołanie częściej spotyka się z potwierdzeniem wcześniejszego rozstrzygnięcia niż z jego zmianą.

Trendy w podatkach

Jakie wnioski można wysunąć analizując poszczególne podatki i jakie są trendy w tych podatkach? Oto kilka z nich.

VAT nadal liderem, ale rośnie znaczenie innych podatków

VAT pozostaje głównym obszarem zainteresowania fiskusa, jednak coraz wyraźniej rośnie liczba działań weryfikacyjnych w obszarze podatków dochodowych, w szczególności CIT, dzięki lepszej analizie danych i automatyzacji.

Fiskus intensyfikuje działania w WHT i cenach transferowych

Coraz więcej kontroli i czynności sprawdzających dotyczy podatku u źródła oraz cen transferowych. To obszary, które organy podatkowe uznają za szczególnie narażone na optymalizacje. Czy słusznie?

Formy współpracy z organami podatkowymi wciąż rozwijają się

Rozwiązania oparte na współpracy i bieżącej komunikacji z administracją skarbową nie są jeszcze powszechne, jednak stopniowo zyskują na znaczeniu. Można oczekiwać dalszego rozwoju tych modeli wraz z cyfryzacją i rosnącą potrzebą ograniczania sporów podatkowych.

Jakub Warnielo kwadrat 1
Jakub Warnieło

Partner | Doradca podatkowy | Szef zespołu postępowań podatkowych i sądowych
E: jakub.warnielo@mddp.pl
T: +48 600 816 431

Aleksandra Bulaszewska kwadrat
Aleksandra Bulaszewska

Starsza konsultantka | Doradczyni podatkowa
E: aleksandra.bulaszewska@mddp.pl
T: (+48) 503 972 646

Agnieszka Walska
Agnieszka Walska

Menedżer
Ceny transferowe
E: agnieszka.walska@mddp.pl
T: (+48) 797 603 696

Wypełnij formularz i pobierz bezpłatnie raport „Przedsiębiorcy pod lupą fiskusa”

Jesteśmy przekonani, że raport w możliwie wyczerpujący i obiektywny sposób prezentuje zarówno perspektywę organów podatkowych, jak i podatników, dostarczając jednocześnie wiedzy niezbędnej do lepszego zrozumienia współczesnych realiów kontroli i sporów podatkowych w Polsce.