Opracowanie kompleksowo przedstawia, jak w ostatnich latach (2021-2025) wyglądały działania kontrolne organów podatkowych. Publikacja obejmuje pełen obraz procedur weryfikacyjnych – od czynności sprawdzających, przez kontrole podatkowe i celno-skarbowe, aż po postępowania podatkowe i sądowe. Szczególną uwagę poświęcamy zagadnieniom, które w ostatnim czasie coraz wyraźniej znalazły się w centrum zainteresowania administracji skarbowej – przyglądamy się m.in. praktyce w zakresie cen transferowych, podatku u źródła czy stosowania klauzuli GAAR. Analizujemy również narzędzia współpracy podatników z organami podatkowymi.
Raport to jednak nie tylko liczby i komentarze ekspertów – to również głos przedsiębiorców. W tej edycji skupiamy się na czynnościach sprawdzających, które stały się najczęściej wykorzystywaną formą weryfikacji rozliczeń. Liczymy, że nasze wnioski i oceny zostaną zauważone i uwzględnione w przyszłych pracach legislacyjnych.
Raport w liczbach
Czynności sprawdzające… hitem fiskusa
Skala działań podejmowanych przez organy podatkowe w obszarze czynności sprawdzających jest znacząca i z roku na rok systematycznie rośnie.
Mimo że czynności sprawdzające są mniej angażujące niż standardowe kontrole, to właśnie one przynoszą organom podatkowym najwięcej wpływów budżetowych spośród dostępnych metod weryfikacji rozliczeń podatników (więcej niż kontrole podatkowe i celno-skarbowe łącznie).
W latach 2021-2025 przeprowadzono łącznie ponad
12,4
miliona
czynności sprawdzających.
W samym 2025 roku przeprowadzono niemal
2,3
miliona
czynności sprawdzających, co stanowi najwyższy wynik od 2022 roku
Oznacza to średnio:
9 163
czynności dziennie
1 145
czynności na godzinę
19
nowych czynności w każdej minucie
Czynności sprawdzające przynoszą większą kwotę stwierdzonych zaległości podatkowych niż wszystkie kontrole podatkowe i celno-skarbowe łącznie(!).
W 2025 roku było to prawie
11
miliardów zł
stwierdzonych uszczupleń
Czynności sprawdzające okiem przedsiębiorców
W ostatnich pięciu latach z czynnościami sprawdzającymi zetknęło się aż
91,3%
respondentów
Przedsiębiorcy doceniają szybkość i brak formalizmu czynności sprawdzających. Brakuje im jednak jasnych zasad ich prowadzenia i gwarancji procesowych. Niewielkie zmiany w przepisach mogłyby być wielkim krokiem w poprawie relacji na linii podatnik-organ.
Jaki jest zaproponowany przez przedsiębiorców kierunek działań i co mógłby obejmować standard zmian przepisów?
Kontrole podatkowe i celno-skarbowe – kontrola czyha za rogiem
W latach 2021-2025 wszczęto łącznie ponad
W 2025 roku każdego dnia roboczego w Polsce wszczynano średnio
Skuteczność kontroli spada, ale nadal prawie każda kontrola prowadzi do stwierdzenia nieprawidłowości – w 2025 roku po raz pierwszy od lat nastąpił spadek skuteczności zakończonych kontroli.
95,5%
kontroli podatkowych oraz
90%
kontroli celno-skarbowych
kończyło się stwierdzeniem nieprawidłowości w rozliczeniach podatników
Pomimo spadku liczby kontroli celno-skarbowych w 2025 roku przyniosły one rekordową kwotę stwierdzanych zaległości – prawie
6,5
miliarda zł
Średnie ustalenie wynikające z jednej kontroli celno-skarbowej to prawie
1,4
miliona zł
Organy podatkowe coraz częściej próbują rozstrzygnąć sprawy w ramach czynności sprawdzających, natomiast kontrole podatkowe pozostawiają dla przypadków bardziej czasochłonnych lub takich, w których prowadzenie czynności sprawdzających okazuje się niewystarczające. Inaczej należy oceniać rolę kontroli celno-skarbowych. Dane Ministerstwa Finansów potwierdzają, że dotyczą one spraw o znacznie większym stopniu skomplikowania, gdzie ryzyko zidentyfikowania nieprawidłowości jest wysokie.
Postępowania odwoławcze
Choć odwołanie pozostaje podstawowym środkiem ochrony praw podatnika, to jego skuteczność jest ograniczona. W większości przypadków organy odwoławcze podtrzymują decyzje organów pierwszej instancji, a nawet gdy dochodzi do ich uchylenia, nie oznacza to jeszcze definitywnego sukcesu podatnika.
Najbardziej prawdopodobnym wynikiem odwołania jest utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji. Dotyczy to średnio 52% decyzji Naczelników US oraz 58% decyzji Naczelników UCS. Oznacza to, że podatnik składający odwołanie częściej spotyka się z potwierdzeniem wcześniejszego rozstrzygnięcia niż z jego zmianą.
Trendy w podatkach
Jakie wnioski można wysunąć analizując poszczególne podatki i jakie są trendy w tych podatkach? Oto kilka z nich.
VAT nadal liderem, ale rośnie znaczenie innych podatków
VAT pozostaje głównym obszarem zainteresowania fiskusa, jednak coraz wyraźniej rośnie liczba działań weryfikacyjnych w obszarze podatków dochodowych, w szczególności CIT, dzięki lepszej analizie danych i automatyzacji.
Fiskus intensyfikuje działania w WHT i cenach transferowych
Coraz więcej kontroli i czynności sprawdzających dotyczy podatku u źródła oraz cen transferowych. To obszary, które organy podatkowe uznają za szczególnie narażone na optymalizacje. Czy słusznie?
Formy współpracy z organami podatkowymi wciąż rozwijają się
Rozwiązania oparte na współpracy i bieżącej komunikacji z administracją skarbową nie są jeszcze powszechne, jednak stopniowo zyskują na znaczeniu. Można oczekiwać dalszego rozwoju tych modeli wraz z cyfryzacją i rosnącą potrzebą ograniczania sporów podatkowych.

Jakub Warnieło
Partner | Doradca podatkowy | Szef zespołu postępowań podatkowych i sądowych E: jakub.warnielo@mddp.pl T: +48 600 816 431

Aleksandra Bulaszewska
Starsza konsultantka | Doradczyni podatkowa E: aleksandra.bulaszewska@mddp.pl T: (+48) 503 972 646

Agnieszka Walska
Menedżer Ceny transferowe E: agnieszka.walska@mddp.pl T: (+48) 797 603 696
