Wznowienie postępowania możliwe także przy wcześniej znanych podatnikowi dowodach – przełomowa uchwała NSA

13 października 2025 r. Naczelny Sąd Administracyjny (NSA) wydał uchwałę o sygn. II FPS 3/25, zgodnie z którą w sprawie zakończonej decyzją ostateczną postępowanie może zostać wznowione także wtedy, gdy nowe dowody lub okoliczności były znane podatnikowi, ale nie zostały przez niego wcześniej powołane.

Uchwała NSA kończy długoletni spór interpretacyjny co do możliwości wznowienia postępowania podatkowego w sytuacji, gdy podatnik powołuje się na okoliczności lub dowody nieznane organowi podatkowemu w chwili wydania decyzji, niezależnie od tego, czy były one znane samemu podatnikowi. 

NSA uznał, że przy wznowieniu postępowania podatkowego kluczowa jest wiedza organu, a nie podatnika. Innymi słowy, podatnik może skutecznie żądać wznowienia, nawet jeśli dysponował danym dowodem już wcześniej – o ile dowód ten nie był znany organowi.

Brzmi jak niuans? W praktyce to zmiana, która może odmienić los spraw zakończonych ostatecznymi decyzjami. Dla wielu firm to realna szansa na zmianę negatywnych rozstrzygnięć, a dla organów – sygnał, że postępowanie dowodowe musi być prowadzone z większą starannością.

Dwa różne podejścia sądów do tego samego przepisu

Zgodnie z art. 240 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej, wznowienie postępowania podatkowego jest możliwe, jeżeli wyjdą na jaw istotne dla sprawy nowe okoliczności faktyczne lub nowe dowody istniejące w dniu wydania decyzji nieznane organowi, który wydał decyzję.

A co z dowodami, o których podatnik miał wiedzę w toku postępowania podatkowego, jednak – z różnych względów – nie zdecydował się ich przedłożyć organowi podatkowemu?

W tym zakresie ukształtowały się dwie linie orzecznicze sądów administracyjnych.

• Pierwsza z nich zakładała brak możliwości wznowienia postępowania podatkowego w takich przypadkach. Podatnik powinien był zadbać o przedstawienie wszystkich dowodów potwierdzających jego stanowisko, a rolą organów podatkowych jest ustalenie stanu faktycznego tylko w zakresie niezbędnym do wydania decyzji.
• Druga z nich – bardziej liberalna – zakładała dosłowne rozumienie przepisów Ordynacji podatkowej. Jeżeli zgodnie z przepisami do wznowienia postępowania podatkowego wystarczy powołanie się na okoliczności czy dowody nieznane organowi podatkowemu, to ewentualna wiedza podatnika na ich temat nie ma znaczenia dla możliwości wznowienia sprawy.

NSA rozstrzyga: liczy się niewiedza organu, nie podatnika

NSA wprost stwierdził, że przesłanka wznowienia postępowania z art. 240 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej jest spełniona, gdy nowe dowody lub okoliczności były nieznane organowi, niezależnie od tego, czy znał je podatnik.

Swoje stanowisko NSA uzasadnił wykładnią literalną przepisu, który mówi o wyjściu na jaw istotnych dla sprawy nowych okoliczności lub dowodów nieznanych organowi, gdy wydawał decyzję. Przepis nie wspomina przy tym o stanie wiedzy podatnika. Gdyby ustawodawca zamierzał uzależnić wznowienie postępowania od braku wiedzy podatnika, wskazałby to wprost w ustawie.

Jeśli w Twojej sprawie istnieją dokumenty, opinie, faktury lub analizy, które nie trafiły do akt postępowania, a mogłyby zmienić wynik decyzji – uchwała NSA otwiera drogę do wznowienia postępowania.

Zasada prawdy materialnej ponad formalizmem

NSA potwierdził, że celem postępowania podatkowego jest ustalenie rzeczywistego stanu faktycznego, a nie „gra proceduralna”. Zasada prawdy materialnej (art. 122 Ordynacji podatkowej) wymaga, by organ dążył do pełnego wyjaśnienia sprawy, niezależnie od aktywności podatnika. Innymi słowy, jeśli istnieją dowody lub okoliczności, które organ prowadzący postępowanie powinien był poznać, ale ich nie znał – to wznowienie służy naprawieniu tego uchybienia.

Czy Twoja sprawa kwalifikuje się do wznowienia?

• Czy sprawa zakończyła się decyzją ostateczną?
• Czy zobowiązanie podatkowe nie uległo jeszcze przedawnieniu?
• Czy posiadasz nowe dowody lub okoliczności, które mogą zmienić wynik sprawy? 
• Czy dowody te istniały już w dniu wydania decyzji, ale organ ich nie znał?

Jeśli na większość pytań odpowiedź brzmi „tak” – istnieją realne podstawy do wznowienia.

Przykład nr 1

Firma nie przedłożyła kilku faktur VAT dokumentujących nabycie usług lub towarów. W konsekwencji organ podatkowy odmówił prawa do odliczenia VAT z tytułu tych nabyć z uwagi na brak dokumentów źródłowych. Po wydaniu decyzji odnaleziono oryginały.

Przykład nr 2

W trakcie kontroli podatnik nie przedłożył dowodów potwierdzających prawo do zastosowania 0% stawki VAT do eksportu towarów. Wynikało to z rygorystycznego podejścia organów podatkowych, które stały na stanowisku, że tylko wydruk z oficjalnego systemu przesądza o prawie do tej stawki (takiego wydruku podatnik nie posiadał, jednak posiadał inne dowody). W decyzji eksport towarów został opodatkowany stawką 23%. Po kilku latach organy złagodziły swoje podejście i dopuściły również inne rodzaje dowodów. W związku z tym podatnik chciałby przedłożyć organowi dokumenty potwierdzające prawo do zastosowania stawki 0% i zmienić treść rozstrzygnięcia.

Nasza perspektywa

Uchwała II FPS 3/25 to nie tylko dobra wiadomość dla podatników, ale też impuls do większej rzetelności po stronie organów. NSA potwierdził, że to organy podatkowe są gospodarzami postępowania i to na nich ciąży obowiązek zebrania właściwego materiału dowodowego. Postępowanie dowodowe musi być zatem prowadzone bardzo starannie, a podatnicy powinni mieć pełną informację co do tego, jakie dokumenty i dowody mogą mieć znaczenie dla organów podatkowych.

Przeoczenie, niezrozumienie istotności dowodu czy zagubienie dokumentu nie musi już prowadzić do nieodwracalnej przegranej w postępowaniu podatkowym. Uchwała NSA otwiera drogę do wznowienia postępowania, a w konsekwencji do ewaluacji ostatecznych rozstrzygnięć i zmian na korzyść podatnika.

Należy pamiętać, że w powyżej opisanych przypadkach czas działa przeciwko podatnikom – warto działać szybko.

Zadbajmy wspólnie o bezpieczeństwo podatkowe.

Zapraszamy do kontaktu – nasz zespół ekspertów pomoże ocenić, jak wnioski płynące z Uchwały NSA mogą wpływać na Państwa sytuację, w tym:

• przeanalizujemy zamknięte sprawy pod kątem możliwości wznowienia postępowania,
• zajmiemy się przygotowaniem strategii procesowej oraz przeprowadzimy sprawę od wniosku o wznowienie, przez postępowanie przed organami, aż po ewentualną skargę do sądu administracyjnego.