Kontrola podatkowa a kontrola celno-skarbowa – różnice, przebieg, uprawnienia

W latach 2019-2024 organy Krajowej Administracji Skarbowej przeprowadziły ponad 117,5 tysiąca kontroli podatkowych i celno-skarbowych, ujawniając nieprawidłowości na łączną kwotę przekraczającą 45 miliardów złotych. Dane te jednoznacznie wskazują na rosnącą skuteczność fiskusa w wykrywaniu uchybień. Dla przedsiębiorców oznacza to konieczność nie tylko reagowania, lecz przede wszystkim odpowiedniego przygotowania do kontroli.

Patrząc jednak przez pryzmat skali zagrożeń dla podatników, kluczowe znaczenie mają kontrole zarówno podatkowe, jak i celno-skarbowe. To one wiążą się z największą liczbą ustaleń i niosą ze sobą najbardziej dotkliwe konsekwencje finansowe oraz operacyjne dla przedsiębiorców.

Dowiedz się #WIĘCEJ w raporcie MDDP opracowanym wraz z Konfederacją Lewiatan „Przedsiębiorcy pod lupą fiskusa. Niełatwe relacje podatników i organów podatkowych”, który zawiera kompleksowe opracowanie danych dotyczących działań kontrolnych organów podatkowych z ostatnich 6 lat

Co poprzedza kontrolę podatkową lub celno-skarbową? Algorytmy, dane i analiza ryzyka

Kontrola nie zaczyna się przypadkiem. Zazwyczaj poprzedza ją analiza danych, z której wynika podejrzenie nieprawidłowości w rozliczeniach podatnika – jest to proces tzw. typowania do kontroli.

Organy dysponują dziś rozbudowanymi narzędziami analitycznymi i szerokim zakresem źródeł informacji. W codziennej praktyce wykorzystywane są dane np. z deklaracji podatkowych, Jednolitych Plików Kontrolnych, systemu STIR, hurtowni danych, raportów systemowych, analiz cen transferowych, zgłoszeń MDR, sprawozdań z KRS czy rejestru CRBR. Coraz częściej sięgają też po dane ogólnodostępne – takie jak media społecznościowe, platformy sprzedażowe, czy informacje publikowane na stronach internetowych.

Analizy wspierane są zaawansowanymi technologiami, takimi jak Silnik Analiz oparty na mechanizmach uczenia maszynowego (z ang. machine learning).

Rozbudowany, otwarty katalog źródeł i metod analiz powoduje, że ryzyko wykrycia nieprawidłowości – nawet tych o niewielkiej skali – systematycznie rośnie.

Szeroki katalog dostępnych narzędzi analitycznych oznacza, że coraz rzadziej mamy do czynienia z kontrolami wszczynanymi „na oślep”. Wręcz przeciwnie, zazwyczaj organy podatkowe wszczynając kontrolę dobrze wiedzą, gdzie i czego szukać w rozliczeniach podatnika.

Raport: Zatrważają dane dotyczące skuteczności działań kontrolnych – ponad 98% kontroli podatkowych i prawie 94% kontroli celno-skarbowych w 2024 r. zakończyło się wykryciem nieprawidłowości. Co oznacza, że organy podatkowe nie lubią odchodzić z pustymi rękami.

Czym się różni kontrola podatkowa od kontroli celno-skarbowej?

Choć obie procedury mają wspólne cechy, nie można ich utożsamiać.

Kontrola celno-skarbowa służy identyfikowaniu i zwalczaniu największych nadużyć, gdzie nieprawidłowości są poważne, a skala uchybień wykracza poza standardowe błędy. Z tego powodu w ramach kontroli celno-skarbowej organy podatkowe mają więcej narzędzi i uprawnień niż w przypadku kontroli podatkowej.

Kontrola podatkowa prowadzona jest na gruncie Ordynacji podatkowej, a w przypadku przedsiębiorców – również zgodnie z przepisami Prawa przedsiębiorców. To powinno dawać kontrolowanym szersze narzędzia ochronne, m.in. ograniczenia w długości trwania kontroli.

Kontrola celno-skarbowa natomiast opiera się na ustawie o Krajowej Administracji Skarbowej. Prawo przedsiębiorców nie znajduje tu zastosowania, co ogranicza zakres ochrony kontrolowanego. Przepisy ustawy o KAS przyznają też organom znacznie szersze uprawnienia niż te, które obowiązują w zwykłej kontroli podatkowej.

Kontrole podatkowe mogą być prowadzone przez naczelników urzędów skarbowych oraz organy jednostek samorządów terytorialnych (wójt, burmistrz, prezydent miasta). Ich celem jest sprawdzenie, czy kontrolowani (podatnicy, płatnicy, inkasenci i ich następcy prawni) wywiązują się z przepisów prawa podatkowego. Kontrolę podatkową prowadzi organ właściwy ze względu na siedzibę lub miejsce zamieszkania podatnika.

Tymczasem kontrole celno-skarbowe są wykonywane wyłącznie przez naczelników urzędów celno-skarbowych. Ich zakres jest znacznie szerszy niż kontroli podatkowych i obejmuje dodatkowo np. przestrzeganie przepisów prawa celnego czy przepisów o przeciwdziałaniu praniu pieniędzy i finansowaniu terroryzmu. Podatnik może być kontrolowany przez naczelnika urzędu celno-skarbowego, którego urząd znajduje się w zupełnie innym województwie niż siedziba lub miejsce zamieszkania tego podatnika.

Raport: W latach 2019–2024 kontrola celno-skarbowa generowała średnio 1,2 mln zł wykrytych nieprawidłowości na jedno postępowanie, podczas gdy w przypadku kontroli podatkowej było to ok. 200 tys.zł.

Wszczęcie kontroli a prawo do skorygowania deklaracji

W przypadku kontroli podatkowej podatnik otrzymuje zawiadomienie o zamiarze jej wszczęcia, które zawiera m.in. określenie zakresu kontroli. Od niedawna, zgodnie z nowelizacją Ordynacji podatkowej, zawiadomienie to musi również zawierać wstępną listę dokumentów i informacji, których organ oczekuje w toku kontroli.

Kontrola może zostać wszczęta nie wcześniej niż po 7 dniach i nie później niż w ciągu 30 dni od doręczenia zawiadomienia. Po tym terminie konieczne jest ponowne doręczenie zawiadomienia.

Wszczęcie kontroli następuje z chwilą doręczenia upoważnienia do jej przeprowadzenia oraz okazania legitymacji służbowej przez pracownika urzędu skarbowego. W szczególnych przypadkach wszczęcie kontroli może mieć również miejsce poprzez okazanie samej legitymacji (np. w celu podjęcia czynności dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia skarbowego)

W okresie między doręczeniem zawiadomienia a formalnym rozpoczęciem kontroli, podatnik ma prawo do złożenia korekty deklaracji i może w ten sposób uniknąć negatywnych konsekwencji ewentualnych błędów. Po wszczęciu kontroli uprawnienie to zostaje zawieszone i przysługuje ponownie dopiero po zakończeniu kontroli, które następuje poprzez doręczenie protokołu kontroli.

Kontrola celno-skarbowa wszczynana jest bez uprzedniego zawiadomienia, na podstawie doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej. Podobnie jak w przypadku kontroli podatkowej, w szczególnych przypadkach kontrola celno-skarbowa może zostać wszczęta jedynie na podstawie okazanej legitymacji służbowej.

Również tutaj ustawodawca przewidział możliwość działania po stronie podatnika: w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli, możliwe jest złożenie korekty deklaracji w zakresie objętym kontrolą. Po upływie 14 dni prawo to zostaje zawieszone aż do momentu zakończeniu kontroli, które następuje poprzez doręczenie wyniku kontroli celno-skarbowej.

Raport: Choć przepisy przewidują obowiązek zawiadamiania o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, w latach 2019-2024 tylko w 1 na 10 przypadków podatnika zawiadamiano o zamiarze rozpoczęcia działań kontrolnych.

Przebieg kontroli – czas trwania i miejsce prowadzenia kontroli

Kontrola podatkowa może być prowadzona w siedzibie podatnika, w miejscu przechowywania dokumentacji lub za zgodą kontrolowanego w urzędzie skarbowym. Jeżeli kontrolujący podejmują czynności kontrolne u podatnika, wówczas muszą się one odbywać w godzinach pracy podatnika.

Czas trwania kontroli podatkowej prowadzonej wobec przedsiębiorców jest ograniczony zgodnie z ustawą Prawo przedsiębiorców do 6, 18, 24 lub 48 dni roboczych rocznie, w zależności od wielkości firmy. Również w tym przypadku przepisy określają wiele wyjątków, do których nie stosuje się tych ograniczeń.

Kontrola celno-skarbowa może być prowadzona w większej ilości miejsc: od siedziby podatnika, przez miejsca przechowywania dokumentacji, po lokale prywatne – jeśli istnieje uzasadnione podejrzenie, że znajdują się tam dokumenty lub towary istotne dla sprawy. Czynności mogą być również prowadzone w urzędach i instytucjach zewnętrznych.

Przepisy nie określają limitów trwania kontroli celno-skarbowej. Mimo, że ustawa o KAS przewiduje 3-miesięczny termin zakończenia kontroli, jest on często wielokrotnie przedłużany.

Raport: Średni czas trwania kontroli celno-skarbowej zakończonej w latach 2019-2024 wyniósł
332 dni, zaś kontroli podatkowej 113 dni.

Zakończenie kontroli – procedura, korygowanie rozliczeń

Kontrola podatkowa kończy się z chwilą doręczenia kontrolowanemu protokołu kontroli, zaś kontrola celno-skarbowa – wyniku kontroli. W obu dokumentach powinny znaleźć się wszystkie ustalenia organu oraz ocena prawna wykrytych nieprawidłowości.

Po kontroli podatkowej kontrolowany ma prawo do wniesienia, w ciągu 14 dni od dnia zakończenia kontroli, zastrzeżeń lub wyjaśnień do otrzymanego protokołu. Kontrolujący muszą się do nich odnieść się w ciągu kolejnych 14 dni, informując czy uwzględniają argumenty podatnika.

Zakończenie kontroli podatkowej oznacza też, że odwiesza się prawo do korygowania rozliczeń objętych tą kontrolą. Jeżeli więc kontrolowany w pełni zgadza się z ustaleniami kontrolujących, powinien złożyć deklaracje korygujące. W przeciwnym wypadku w ciągu 6 miesięcy od dnia doręczenia protokołu kontroli organ podatkowy rozpocznie postępowanie podatkowe, które może zakończyć się wydaniem decyzji określającej zobowiązanie podatkowe (która zastępuje deklarację podatkową złożoną przez podatnika).

W przypadku kontroli celno-skarbowej kontrolowanemu nie przysługuje prawo do wniesienia zastrzeżeń lub wyjaśnień. Inne są też zasady związane z korygowaniem rozliczeń – jest to możliwe jedynie w ciągu 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli. Korekty złożone po tym czasie nie wywołują skutków prawnych. Jeżeli kontrolowany nie zgadza się z ustaleniami kontroli celno-skarbowej i nie dokona korekty w tym zakresie, w ciągu 6 miesięcy kontrola celno-skarbowa zostanie przekształcona w postępowanie podatkowe. W tym przypadku również postępowanie może zakończyć się decyzją określającą zobowiązanie podatkowe.

Warto pamiętać, że nawet skorygowanie rozliczeń zgodnie z ustaleniami kontroli nie wyklucza wszczęcia postępowania podatkowego. Z taką sytuacją będziemy mieli do czynienia, np. gdy kontrola dotyczyła podatku VAT, a postępowanie ma na celu ustalenie dodatkowego zobowiązania podatkowego.

Podsumowanie

Mimo wyraźnych różnic w charakterze, trybie i zakresie kontroli podatkowej oraz celno-skarbowej, wspólnym mianownikiem pozostaje realne ryzyko nałożenia znacznych obciążeń finansowych. Co istotne, konsekwencje błędów także tych niezamierzonych często przewyższają koszty związane z wcześniejszym zapewnieniem zgodności z przepisami.

W warunkach rosnącej aktywności organów kontrolnych, proaktywne podejście do zarządzania ryzykiem podatkowym staje się koniecznością. Systemowa analiza obowiązków podatkowych, bieżący nadzór nad dokumentacją oraz wsparcie merytoryczne stanowią dziś podstawowe narzędzia ograniczające ryzyko negatywnych skutków kontroli i sporów z organami Krajowej Administracji Skarbowej.

Cecha

Kontrola podatkowa

Kontrola celno-skarbowa

Wszczęcie i zawiadomienie

Wymaga zawiadomienia (min. 7 dni; max. 30 dni przed kontrolą).

Kontrola zostaje wszczęta w momencie doręczenia upoważnienia oraz okazania legitymacji.

Wyjątkowo możliwe wszczęcie bez zawiadomienie (np. gdy dotyczy zwrotu VAT)

Wszczynana bez zawiadomienia.

Kontrola zostaje wszczęta w momencie doręczenia upoważnienia.

Zakres kontroli

Skoncentrowana na weryfikacji rozliczeń podatkowych (deklaracje, księgi).

Obejmuje nie tylko podatki, ale też cło, akcyzę, gry hazardowe, przeciwdziałanie praniu pieniędzy i inne obszary wskazane w ustawie o KAS.

Czas trwania i limity

Limitowana przepisami ustawy Prawo przedsiębiorców (6-48 dni roboczych w zależności od wielkości firmy).

Brak limitów czasowych. Przepisy wskazują jedynie niewiążący termin instrukcyjny.

Miejsce prowadzenia

W siedzibie podatnika, miejscu przechowywania dokumentacji lub urzędzie – za zgodą podatnika.

W siedzibie podatnika, miejscach przechowywania dokumentów, instytucjach, a nawet lokalach prywatnych.

Zakończenie kontroli

Kończy się z chwilą doręczenia protokołu kontroli. Kontrolowany ma prawo wnieść zastrzeżenia lub wyjaśnienia do protokołu w terminie 14 dni od jego doręczenia.

Kończy się z chwilą doręczenia wyniku kontroli. Brak możliwości wniesienia zastrzeżeń czy wyjaśnień.

Korekta deklaracji

Możliwa między zawiadomieniem a formalnym rozpoczęciem kontroli.

Na czas trwania kontroli – prawo do korygowania deklaracji zawiesza się.

Po zakończeniu kontroli możliwa korekta do momentu wszczęcia postępowania podatkowego.

 

 

Możliwa w ciągu 14 dni od wszczęcia kontroli oraz 14 dni po zakończeniu kontroli. Poza tymi okresami nie ma możliwości korygowania rozliczeń.

 

 

Litigation banerek 1

Powiązane treści

Facebook
Twitter
LinkedIn
Aleksandra Bulaszewska_kwadrat

Aleksandra Bulaszewska

Starszy konsultant | Doradca podatkowy

Tel.: +48 503 972 646

Filip Szwejkowski

Filip Szwejkowski

Konsultant

Tel.: +48 518 402 593