Powiązania ze Skarbem Państwa a obowiązek dokumentacji cen transferowych – najnowsze stanowiska KIS i NSA

Dlaczego zwolnienie z dokumentacji cen transferowych budzi tyle wątpliwości?  

Zwolnienie z obowiązku dokumentacji cen transferowych określone w art. 11n ust. 5 ustawy o CIT, to temat, który od lat budzi kontrowersje wśród podatników. Choć przepisy wprowadzające to zwolnienie miały uprościć życie podmiotom powiązanym z administracją publiczną, to w praktyce zamiast uproszczenia, wprowadziły szereg trudności interpretacyjnych. Jedną z kwestii, która wciąż budzi wątpliwości, jest to, czy zwolnienie to dotyczy jedynie bezpośrednich powiązań kapitałowych ze Skarbem Państwa (dalej także jako: SP) lub jednostkami samorządu terytorialnego (dalej także jako: JST), czy również powiązań pośrednich. Problem ten nie został jednoznacznie rozwiązany w orzecznictwie, a rozbieżności między podejściem organów podatkowych a sądów administracyjnych są nadal zauważalne.  

Zwolnienie z dokumentacji cen transferowych – co wynika z art. 11n ust. 5 CIT? 

Zgodnie z art. 11n ust. 5 ustawy o CIT, obowiązek sporządzenia lokalnej dokumentacji cen transferowych, określony w art. 11k ust. 1, nie dotyczy transakcji kontrolowanych w przypadku, gdy powiązania między podmiotami wynikają wyłącznie z powiązania ze Skarbem Państwa lub JST bądź ich związkami.  

Zwolnienie to zostało wprowadzone w ramach nowelizacji ustawy o CIT, której przepisy weszły w życie na podstawie ustawy z dnia 23 października 2018 r.  

Spór o zakres zwolnienia: bezpośrednie czy pośrednie powiązania ze Skarbem Państwa? 

Choć intencją ustawodawcy było uproszczenie przepisów dotyczących cen transferowych w odniesieniu do podmiotów powiązanych z administracją publiczną, niestety, regulacja ta przysparza wielu problemów zarówno podatnikom, jak i organom podatkowym oraz sądom. 

Jednym z kluczowych zagadnień związanych z art. 11n ust. 5 CIT , które budzi liczne wątpliwości, jest ustalenie czy zwolnienie obejmuje: 

• • tylko powiązania bezpośrednie, czy 

• • również powiązania pośrednie, jeżeli ostatecznym podmiotem kontrolującym jest Skarb Państwa lub JST. 

Stanowiska organów podatkowych – głównie podejście zawężające 

Wykładnia restrykcyjna: zwolnienie tylko dla powiązań bezpośrednich 

W kontekście powyższego zagadnienia, organy podatkowe przez długi czas prezentowały stanowisko zawężające, wskazując, że zwolnienie dotyczy wyłącznie podmiotów bezpośrednio powiązanych ze SP lub JST. Przykładem takiej wykładni jest interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej także jako: Dyrektor KIS) z dnia 10 lipca 2020 r. (sygn. 0111-KDIB1-2.4010.210.2020.1.AW), w której organ stwierdził, że zwolnienie z obowiązku sporządzania dokumentacji cen transferowych może dotyczyć wyłącznie podmiotów, których powiązania mają charakter bezpośredni, tj. wynikają bezpośrednio ze związku ze SP lub JST.  

W analizowanym przypadku wnioskodawca, będący spółką prawa handlowego, której 100% udziałów posiadało przedsiębiorstwo państwowe (dalej także jako: PP), chciał skorzystać ze zwolnienia z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych w związku z transakcjami realizowanymi m.in. z przedsiębiorstwem państwowym będącym jego jedynym udziałowcem oraz z PP, w którym to przedsiębiorstwo miało 45,65% udziałów, a pozostałe udziały należało do województwa. Dyrektor KIS uznał, że wnioskodawca jest powiązany z PP, a nie bezpośrednio ze Skarbem Państwa, w wyniku czego odmówił możliwości skorzystania ze zwolnienia z art. 11n ust. 5 ustawy o CIT. 

Rzadziej spotykana wykładnia rozszerzająca 

Odmienne podejście zostało natomiast zaprezentowane przez organ podatkowy w interpretacji indywidualnej z dnia 24 października 2025 r. (sygn. 0111-KDIB1-1.4010.288.2021.10.BK), w której Dyrektor KIS przyjął stanowisko różniące się od prezentowanego wcześniej, twierdząc, że zwolnienie z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych może mieć zastosowanie również w sytuacjach, gdy Wnioskodawca jest pośrednio powiązany ze SP lub JST, poprzez posiadanie udziałów w podmiotach, w których SP posiada bezpośrednio lub pośrednio co najmniej 25% udziałów, przy założeniu, że nie występują inne powiązania poza SP. 

Należy jednak zauważyć, że powyższa interpretacja indywidualna stanowi konsekwencję zaskarżenia pierwotnej interpretacji oraz prawomocnego orzeczenia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 21 czerwca 2022 r. (sygn. akt III SA/Wa 2658/21) i Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 18 czerwca 2025 r. (sygn. akt II FSK 1272/22). Sądy te uchyliły pierwotne stanowisko organu, który uznał, że Wnioskodawca, mimo pośredniego powiązania ze SP poprzez PP, jest zobowiązany do sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych, gdyż zwolnienie przewidziane w art. 11n pkt 5 ustawy o CIT dotyczy jedynie podmiotów bezpośrednio powiązanych ze SP. 

Powyższe okoliczności wskazują na pewną tendencję w praktyce organów podatkowych – interpretacje indywidualne wydawane w ramach pierwotnego rozpatrywania wniosków często prezentują bardziej restrykcyjną wykładnię przepisów, ograniczając możliwość stosowania zwolnień przewidzianych w art. 11n pkt 5 ustawy o CIT wyłącznie do przypadków powiązań bezpośrednich ze SP. Natomiast interpretacje podlegające skardze i ponownemu rozpatrzeniu przez sądy administracyjne ujawniają bardziej elastyczne podejście, uwzględniając szerszy kontekst systemowy i dopuszczając możliwość zastosowania zwolnienia w przypadku występowania powiązań pośrednich. 

Rozbieżności w orzecznictwie NSA – dwa odmienne wyroki dotyczące bardzo podobnych stanów faktycznych 

Sprawę dodatkowo komplikuje fakt, że w odstępie nieco ponad jednego roku wydano dwa wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego, które dotyczą podobnych stanów faktycznych, ale prezentują odmienne stanowiska w kwestii stosowania zwolnienia z obowiązku sporządzania dokumentacji cen transferowych w przypadku powiązań pośrednich.  

Wyrok z dnia 18 kwietnia 2024 r. (sygn. akt II FSK 910/21)  

NSA rozpatrywał skargę kasacyjną dotyczącą interpretacji indywidualnej o sygn. 0111-KDIB1-2.4010.210.2020.1.AW, w której wnioskodawca, spółka handlowa w 100% będąca własnością PP, wystąpił o potwierdzenie możliwości skorzystania ze zwolnienia z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych w przypadku transakcji z PP, w sytuacji przekroczenia progów dokumentacyjnych. NSA przyjął jednak w tej sprawie wykładnię zawężającą, uznając, że zwolnienie nie przysługuje w przypadku powiązań pośrednich.  

Sąd wskazał, że jedynym podmiotem mogącym wykazać wyłączne powiązanie ze Skarbem Państwa jest w przedstawionym stanie faktycznym PP, a nie spółka w pełni przez ten podmiot kontrolowana. W konsekwencji, tylko PP mogłoby skorzystać ze zwolnienia z art. 11n ust. 5 ustawy o CIT, gdyby dokonywało transakcji ze SP lub z inną spółką, w której 100% udziałów posiada bezpośrednio SP. 

NSA podkreślił również, że SP i inne państwowe osoby prawne działają w oparciu o mienie państwowe, lecz są od siebie odrębne. W związku z tym, samo uczestnictwo SP w strukturze własnościowej przedsiębiorstw nie pozwala na uznanie, że wszystkie podmioty w tej strukturze są bezpośrednio związane z państwem w sensie umożliwiającym zastosowanie zwolnienia. Sąd zaznaczył, że wykładnia przepisu nie może obejmować spółek, w których państwowe osoby prawne mają udziały pośrednie, ponieważ skutkowałoby to nieuzasadnionym rozszerzeniem zakresu zwolnienia. 

Wyrok z dnia 18 czerwca 2025 r. (sygn. akt II FSK 1272/22)  

Z kolei sprawa dotycząca podobnego stanu faktycznego zakończyła się wyrokiem o odmiennym brzmieniu – NSA orzekał bowiem w przedmiocie skargi kasacyjnej wniesionej na interpretację indywidualną o sygn. 0111-KDIB1-1.4010.288.2021.3.BK, w ramach której wnioskodawca, będący spółką z o.o. w całości należącą do PP w pełni kontrolowanej przez SP, wystąpił o potwierdzenie, czy może skorzystać ze zwolnienia z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych w przypadku transakcji z PP oraz innymi podmiotami, w których PP posiada bezpośrednio lub pośrednio co najmniej 25% udziałów w kapitale. W tym orzeczeniu NSA przychylił się do argumentacji Wnioskodawcy, uznając, że pojęcie „powiązania”, użyte przez ustawodawcę w treści w art. 11n ust. 5 ustawy o CIT, obejmuje zarówno powiązania bezpośrednie, jak i pośrednie, o ile prowadzą one do związku ze Skarbem Państwa. Sąd wskazał, że analiza przepisu wskazuje, iż zwolnienie może dotyczyć również łańcuchów powiązań, w których SP wywiera wpływ pośrednio poprzez spółki zależne. 

Niestety, tak krótki odstęp czasowy między przywołanymi wyrokami – niecały rok i dwa miesiące – dodatkowo uwypukla brak jednolitej wykładni i trudności interpretacyjne w stosowaniu art. 11n pkt 5 ustawy o CIT.  

Konsekwencje praktyczne dla podatników 

Brak spójnej linii orzeczniczej oraz odmienne interpretacje KIS powodują istotne ryzyko podatkowe. Podatnicy muszą liczyć się z tym, że: 

• • tożsame stany faktyczne mogą być oceniane inaczej, 

• • organ podatkowy może odrzucić zwolnienie przy pierwszej interpretacji, 

• • dopiero sąd administracyjny może potwierdzić liberalną wykładnię, 

• • konieczne jest szczegółowe badanie struktury powiązań i dokumentowanie ich genezy. 

Zdaniem autorów 

Kwestia możliwości zastosowania zwolnienia wynikającego z art. 11n pkt 5 ustawy o CIT pozostaje obszarem o istotnym poziomie niepewności prawnej. Wynika to przede wszystkim z widocznej niespójności między podejściem organów podatkowych a linią orzeczniczą sądów administracyjnych. Organy podatkowe w dużej mierze stosują wykładnię literalną przepisu, koncentrując się na bezpośrednich powiązaniach ze SP lub JST, podczas gdy sądy administracyjne częściej przyjmują podejście celowościowe i funkcjonalne, otwierając możliwość objęcia zwolnieniem również przypadków, których pomiędzy podmiotami występują powiązania pośrednie. 

Niepewność podatników narasta również w związku z brakiem jednolitej wykładni w obrębie sądownictwa administracyjnego. Choć sądy administracyjne w ostatnich wyrokach skłaniają się ku bardziej liberalnemu podejściu, to na przestrzeni ostatnich kilkunastu miesięcy zapadły dwa wyroki NSA, które rozstrzygały tożsame zagadnienie, lecz prezentowały odmienne tezy. Krótki odstęp czasowy między tymi wyrokami dodatkowo potwierdza niejasności interpretacyjne i podkreśla potrzebę ujednolicenia wykładni przepisów.  

Do czasu ujednolicenia wykładni zalecamy: 

• • stosowanie ostrożności przy korzystaniu ze zwolnienia, 

• • zabezpieczenie się interpretacjami indywidualnymi, 

• • stałe monitorowanie nowych wyroków i interpretacji KIS. 

Podstawa prawna 

Rozdział 1a Ceny transferowe ustawy z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. z 2025 r. poz. 278 ze zm.) (ustawa o CIT).