Czy sąd może sięgać wstecz? NSA odmówił podjęcia uchwały w sprawie przedłużenia zwrotu VAT

Naczelny Sąd Administracyjny 16 czerwca 2025 r. odmówił podjęcia uchwały w sprawie o kluczowym znaczeniu dla praktyki zwrotów VAT. W centrum sporu znalazło się pytanie, czy sądy administracyjne dokonując kontroli postanowienia o przedłużeniu zwrotu VAT mogą kontrolować również wcześniejsze, niezaskarżone postanowienia wydane w tej samej sprawie.

Przedłużanie terminu zwrotu VAT – uprawnienia i praktyka organów podatkowych

Urzędy skarbowe są uprawnione do wydania postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu VAT, jeśli uznają, że niezbędne jest przeprowadzenie dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu. Problem pojawia się wtedy, gdy postanowienia o przedłużeniu są wydawane „seryjnie”, bez realnego uzasadnienia ani wskazania konkretnych czynności, które organ podatkowy zamierza podjąć.

Podatnik może zaskarżyć takie postanowienie do dyrektora izby administracji skarbowej, a następnie – w razie jego utrzymania – do wojewódzkiego sądu administracyjnego. W praktyce jednak podatnicy często rezygnują ze skarżenia każdorazowego przedłużenia, licząc na szybkie zakończenie sprawy.

Stan faktyczny – jedenaście przedłużeń i jedna skarga

W rozpatrywanej sprawie podatnik otrzymał aż jedenaście kolejnych postanowień o przedłużeniu terminu zwrotu VAT. Na część z nich wniósł zażalenia, jednak właściwy dyrektor izby administracji skarbowej wszystkie utrzymywał w mocy. Podatnik nie zdecydował się zaskarżyć żadnego postanowienia organu odwoławczego do sądu administracyjnego… do czasu. Przy jedenastym przedłużeniu terminu zwrotu sprawa trafiła do WSA w Warszawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w wyroku z 15 marca 2021 r. (III SA/Wa 2253/20) uchylił ostatnie postanowienie organu II instancji wskazując, że organ nie wykazał żadnych nowych okoliczności, które uzasadniałyby dalsze przedłużenie zwrotu. Jednocześnie sąd uznał, że jego kontrola ogranicza się wyłącznie do tego jednego, zaskarżonego aktu – wcześniejsze postanowienia pozostają poza zakresem badania.  

Od wyroku WSA obie strony postępowania wniosły skargi kasacyjne.

Spór przed NSA i różnice w orzecznictwie sądów administracyjnych

NSA, dostrzegając istotne rozbieżności w orzecznictwie, przekazał zagadnienie prawne do rozpoznania poszerzonemu składowi siedmiu sędziów (postanowienie z 5 marca 2025 r., I FSK 1837/21). Problem sprowadzał się do pytania: czy sąd administracyjny, badając jedno postanowienie o przedłużeniu zwrotu VAT, może ocenić również wcześniejsze, niezaskarżone postanowienia dotyczące tego samego okresu?

Jak wskazał NSA, obecnie w orzecznictwie sądów administracyjnych ukształtowały się dwie przeciwstawne linie interpretacyjne dotyczące zakresu kontroli postanowień o przedłużeniu terminu zwrotu.

• Zgodnie z pierwszą linią orzeczniczą, sądy administracyjne są uprawnione do dokonywania kontroli wcześniej wydanych postanowień. Kluczowe znaczenie ma ciągłość działań organu – jeżeli choć jedno z wcześniejszych postanowień było doręczone nieprawidłowo i nie wywołało skutków prawnych, to żadne kolejne postanowienie również nie wywołuje skutków prawnych.
• Druga linia orzecznicza opowiada się za traktowaniem każdego przedłużenia terminu zwrotu jako odrębnej sprawy, opartej na odmiennym stanie faktycznym, co wyklucza możliwość weryfikacji uprzednich, niezaskarżonych postanowień w ramach jednej sprawy sądowoadministracyjnej (i za tą linią opowiedział się WSA w Warszawie w tej sprawie).

W sprawie interweniował również Rzecznik Małych i Średnich Przedsiębiorców, podkreślając konieczność ochrony podatnika jako strony słabszej i wskazując na konstytucyjną zasadę zaufania do władzy publicznej.

NSA odmawia podjęcia uchwały

Po rozpoznaniu zagadnienia prawnego NSA w składzie siedmiu sędziów postanowieniem z 16 czerwca 2025 r. (sygn. I FPS 2/25) odmówił podjęcia uchwały. W uzasadnieniu ustnym wskazano, że przesłanki do jej podjęcia nie zostały spełnione – zagadnienie prawne nie pozostawało w bezpośrednim związku z zarzutami skarg kasacyjnych, które koncentrowały się na ustaleniach faktycznych.

Co dalej? Skutki dla podatników i organów podatkowych

Przedłużanie terminu zwrotu VAT wciąż stanowi istotny problem praktyczny.

Brak uchwały NSA utrzymuje stan niepewności prawnej. Nadal obowiązują dwie sprzeczne linie orzecznicze, które są akceptowane przez sądy administracyjne.

Dla podatników oznacza to brak gwarancji, że sąd zbada całą sekwencję przedłużeń, nawet jeżeli były one obarczone wadami. Z tego powodu przy każdym doręczonym postanowieniu o przedłużeniu terminu zwrotu VAT warto rozważyć wniesienie zażalenia, a później także skargi do sądu administracyjnego – zwłaszcza, gdy jest to kolejne postanowienie wydane w tej samej sprawie.

Z kolei organy podatkowe nie mogą bezrefleksyjnie przedłużać terminu zwrotu VAT. Każdy przypadek wymaga indywidualnej oceny, a postanowienia doręczane wyłącznie w uzasadnionych sytuacjach. W przeciwnym razie organy podatkowe narażają się na uchylenie postanowienia, z czym wiąże się obowiązek wypłaty odsetek, jeżeli zwrot VAT ostatecznie okaże się zasadny.