VAT i akcyza: NIK alarmuje – opóźniony KSeF, kontrole tracą na skuteczności

15 lipca 2025 r. Najwyższa Izba Kontroli (NIK) opublikowała raport z kontroli funkcjonowania Krajowej Administracji Skarbowej (KAS) w latach 2022-2024. Zgromadzone dane rzucają krytyczne światło na realizację kluczowych projektów Ministerstwa Finansów – w tym na wdrożenie Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) oraz efektywność działań kontrolnych administracji.

Główne zarzuty NIK

Kontrola objęła Ministerstwo Finansów, izby administracji skarbowej oraz urzędy skarbowe i celno-skarbowe, a jej wyniki wskazują na problemy, które w zakresie VAT i akcyzy narastały od dłuższego czasu.

1. Opóźnione e-faktury i brak nadzoru
   NIK potwierdza, że problemy z wydajnością KSeF, który ma obsługiwać ponad 2,5 mld faktur rocznie, były sygnalizowane już w 2023 roku. Mimo to, Minister Finansów w odpowiednim czasie nie podjął skutecznych działań, aby zapobiec opóźnieniu, a zewnętrzny audyt wykazał brak efektywnego nadzoru nad projektem. W efekcie w latach 2021-2023 dwukrotnie przesunięto termin wdrożenia obowiązkowych e-faktur.

• • Pierwotną datą zakończeniu projektu e-Faktur był 31 grudnia 2022 roku.
  • Następnie ustalono, że KSeF będzie obowiązywać w formie obligatoryjnej od 1 lipca 2024 roku.
  • Ostatecznie datę wprowadzenia przesunięto po raz drugi – na 1 lutego 2026 roku.

2. Spadająca efektywność i niezrozumiałe zmiany w kadrach

Dane przedstawione przez NIK wskazują na spadek efektywności kontroli podatkowych w VAT, mierzonej średnią kwotą wykrytego uszczuplenia należności podatkowej przypadającą na jedną zakończoną kontrolę:

• • W kontrolach celno-skarbowych dot. VAT spadła trzykrotnie – z 2,4 mln zł w 2019 roku do 823 tys. zł w 2023 roku – mimo że liczba tych kontroli rosła.
  • W kontrolach podatkowych dot. VAT spadła z 367,5 tys. zł w 2019 roku do 184,8 tys. zł w 2023 roku.

NIK upatruje przyczyny m.in. w reorganizacji kadrowej, czyli przeniesieniu ¼ kontrolerów z urzędów skarbowych do urzędów celno-skarbowych bez rzetelnej analizy skutków takiej decyzji. Przeniesienie kontrolerów miało poprawić efektywność, tymczasem mogło doprowadzić do przeciwnego efektu.

3. Niepewność interpretacyjna w akcyzie
   Raport NIK przedstawił również negatywne trendy pojawiające się w akcyzie. Szczególnie niepokojący jest przykład płynów (liquidów) do e-papierosów. Przez lata organy podatkowe uznawały glikol i glicerynę (są to substancje stanowiące bazę do roztworu) za wyroby akcyzowe. Sytuacja skomplikowała się po zmianie definicji płynu do e-papierosów od 1 stycznia 2023 roku. Ministerstwo Finansów zajęło wówczas stanowisko, że roztwór w powszechnym rozumieniu to jednorodna mieszanina dwóch lub więcej związków chemicznych, a ani gliceryna, ani glikol takimi mieszaninami nie są. W efekcie dyrektor KIS (odpowiedzialny za wydawanie interpretacji indywidualnych) zaczął uznawać, że substancje takie jak glikol i gliceryna, gdy są sprzedawane samodzielnie, niezmieszane, nie są roztworami, zatem nie podlegają opodatkowaniu akcyzą.

 Ostatecznie 21 czerwca 2024 roku Minister Finansów wydał interpretację ogólną, która przywróciła pierwotne stanowisko, uznając, że pod pojęciem “płyn do papierosów elektronicznych” należy rozumieć nie tylko wyrób w ostatecznej postaci stosowanej w papierosie elektronicznym, lecz również glikol i glicerynę służące do jego wytworzenia. NIK uznała 8-miesięczną zwłokę w podjęciu prac nad tą interpretacją – za działanie nierzetelne.

Co dalej?

W raporcie NIK przedstawił również wnioski i analizy dotyczące przyszłości omawianych zagadnień:

• Ostatnia prosta KSeF. Ścieżka legislacyjna dotycząca obowiązkowego KSeF weszła w decydującą fazę. 25 lipca 2025 r. Sejm przyjął nowelizację ustawy o VAT, która teraz trafi do dalszych prac w Senacie. Dla firm jest to ostateczny sygnał, że należy zintensyfikować przygotowania, gdyż czas na dostosowanie procesów do nowych wymogów gwałtownie się skraca.

Obowiązkowe e-fakturowanie zacznie obowiązywać etapowo:

• od 1 lutego 2026 r. – dla dużych przedsiębiorstw z obrotem powyżej 200 mln zł (wraz z kwotą podatku)
• od 1 kwietnia 2026 r. – dla pozostałych przedsiębiorców
• od 1 stycznia 2027 r. – dla najmniejszych firm (wartość sprzedaży do 10 tys. zł miesięcznie)
• Ryzyko w akcyzie wymaga szczególnej ostrożności. Historia z płynami do e-papierosów to ostrzeżenie dla wszystkich branż objętych akcyzą. Warto na bieżąco śledzić interpretacje wydawane przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej i w razie wątpliwości zabezpieczyć swoją sytuację prawną, np. występując o indywidualną interpretację.
• Niewykorzystany potencjał analityczny KAS. NIK we wnioskach wskazała, że administracja skarbowa nie korzysta w pełni z dostępnych narzędzi analitycznych, np. danych z systemu Track&Trace dla wyrobów tytoniowych czy analizy rozliczania VAT przez jednostki samorządu terytorialnego, mimo otrzymywanych sygnałów o nadużyciach w tym obszarze. To oznacza, że w przyszłości te obszary mogą stać się celem wzmożonych kontroli.

Zadbajmy wspólnie o bezpieczeństwo podatkowe

Obecna sytuacja wymaga od firm nie tylko bieżącego śledzenia zmian, ale także proaktywnego zarządzania ryzykiem podatkowym. Zapraszamy do kontaktu – nasz zespół ekspertów pomoże ocenić, jak ustalenia wynikające z raportu mogą wpływać na Państwa organizację, a także pomoże przygotować się na nadchodzące zmiany i ewentualne kontrole.